اصول عملکرد ems مشابه سیستمهای پیش از آن است، با اعمال نیروی الکتریکی بر آب و یونهای محلول در آن هسته های محلول معلق از جنس کربنات کلسیم با ساختاری کریستالی تشکیل شده و یونهای آزاد کلسیم و بیکربنات محلول به شکل ترجیحی و تدریجی به این هسته ها می چسبند و درنتیجه دیگر بر روی سطوح رسوب نمی کنند.
مزیت مهم EMS، در مقایسه با انواع رسوب زداهای مغناطیسی و الکتریکی منطقه اثر وسیع آن است که محدود به طول سیم پیچ یا آهنربا نشده و صدها متر از دو سوی EMS درون لوله منتشر می گردد. در نتیجه داشتن منطقه اثری به این وسعت EMS عملکردی بمراتب موثرتر از نمونه های قبلی خود دارد و می تواند با نرخی به مراتب بالاتر به تولید هسته های اولیه بپردازد.
این منطقه اثر وسیع، نتیجه شیوه خاصی است که EMS برای اعمال میدان الکترومغناطیسی استفاده می کند :
در این شیوه سیم پیچ با یک حلقه از جنس فریت تعویض شده است که به شکل یک چند ضلعی، زنجیر وار به دور لوله بسته می شود. سیگنالی با شکل و فرکانس متغیر از طریق سیم پیچ اولیه به این حلقه اعمال می شود. با مکانیسمی مشابه عملکرد ترانسفور ماتور، آب درون لوله نقش مسیر ثانویه را بازی کرده و به این ترتیب امواج سودبخش در تمام طول لوله منتشر می شود، بنابراین حتی سکون آب هم بر عملکرد EMS تاثیر نامطلوب نخواهد داشت.
دامنه فرکانسی سیگنال EMS عموما مورد سوال قرار می گیرد، باید گفت که این دامنه به شدت وسیع است ( در تستی که در آزمایشگاه EMI دانشگاه امیرکبیر انجام شد مولفه هایی در فرکانس …. هم در سیگنال خروجی وجود داشت ) اما بیشترین انرژی سیگنال در محدوده 100 تا 200 کیلو هرتز می باشد.